將32 P標記的雙鏈DNA探針于100℃加熱5分鐘，迅速置于冰浴中。單鏈探針不必變性。將探針加到雜交袋中雜交過夜。雜交期間，盛濾膜的容器應蓋嚴，以防液體蒸發。
雜交結束后，去除雜交液，立即于室溫把濾膜放入大體積（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，輕輕振搖5分鐘，并將濾膜至少翻轉一次。重復洗 一次，同時應避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜兩次，每次1-1.5小時。此時已可進行自顯影。如背景很高或實驗要求嚴格的洗膜條件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃將濾膜浸泡60分鐘。
植物原位雜交除了在遺傳育種方面的應用，還在其他領域有著廣泛的應用，包括：
植物基因表達模式研究：通過植物原位雜交技術可以檢測特定基因在不同組織或不同生長條件下的表達模式，有助于了解基因的功能和作用機制。
植物基因組研究：植物原位雜交技術可以用于基因組研究，例如染色體構象、基因組變異和基因組進化等方面，有助于深入了解植物基因組的特征和結構。
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